U isto vrijeme (1656.), kad su franjevci kupili neke kućice za gradnju kapele preko puta samostana, dobili su i porušeni „casin“ ispod samostana koji se nalazio na jugu kuće obitelji Protti. Ubrzo su franjevci dobili kuću na zapadnoj strani samostana. Polovica je te kuće s dvorom pripadala braći Regola, a druga polovica obitelji Tetta, kako se vidi iz popisa pokretne i nepokretne imovine (1644.) te plemićke šibenske obitelji. Tu se kaže kako se „da sirocho“ te kuće nalazila kuća „R. Rdi del Capitolo minore“, a s ostalih strana gradski put, što je još jedan dokaz ispravnosti naše tvrdnje da je tzv. Foscolova palača pripadala Malom kaptolu. Nenastanjenu i tek dijelom pokrivenu kuću Ivana i Pavla Regole braća su 5. studenog 1655. prodala za 40 reala veoma zaslužnom u borbama za Andrije Cornara Dominiku Semoniću. Dominik je bio samostanski prijatelj te je dozvolio franjevcima da poprave kuću i da se u njoj nastane. Takvu popravljenu kuću Dominik je 20. lipnja 1669. ustupio franjevcima za govorenje sv. Misa. Kako Dominik nije bio isplatio cijelu svotu obitelji Regoli, franjevci su se obvezali da će oni u ime Dominikovo isplatiti 20 reala.

Uspostava nove redovničke kuće unutar zidina Šibenika, kao i širenje utjecaja bosanskih franjevaca bilo je zazorno starim šibenskim samostanima franjevaca konventualaca i dominikanaca. Stoga su oni počeli parnicu da bi omeli stvaranje samostana unutar zidina.

Ta je parnica došla sve do mletačkog dužda i B. Valijer je 30. siječnja 1657. odredio da šibenski knez i kapetan ispita gvardijane samostana sv. Frane i Dominika, ali novac dan visovačkim franjevcima neka se i dalje daje, a taj se odnosio na godišnju nagradu (20 dukata) za plaćanje najma Malom kaptolu. Ti su stari samostani tvrdili da su visovački franjevci izigrali državnu i crkvenu vlast koja im je prvotno dozvolila gradnju samostana izvan zidina, kod crkvice sv. Nikole. No, jedan od uzroka njihova negodovanja bio je što su franjevci gradnjom samostana u gradu ometali skupljanje milostinje tih starodrevnih samostana koji „440 annis circiter ab hinc aluntur elemosinis in dicta civitate Sibnenicensi et districta.“ Stoga pravda koja se vodila od šibenskog biskupa sve do Kongregacije u Rimu nije bila „prkosna i dokona“, kako se izražava Stj. Zlatović. Prije bi takva bila druga parnica u XVIII st. zbog prednosti u procesijama (praecedentia) između konventualaca i franjevaca observanata u Šibeniku, iako je u baroknom društvu, dolaskom novih redovnika, imala i ona svoja opravdanja.

Jednako je zbog tog samostana došlo do zategnutosti i s Dalmatinskom provincijom. Ona je željela sebi dobiti nove samostane u Dalmaciji. Stoga se bosanski provincijal 7. ožujka 1661. obratio papi da ne bi četiri hospicija u Primorju pripala Dalmatinskoj provinciji. Mletačka je vlada moguće bila tome i sklona. Visovački franjevci bili su podanici provincije Bosne Srebrne i u vrijeme rata dobro su dolazili mletačkim zapovjednicima. Međutim, kad je rat završen (1669.), Mlečanima sigurno nije bilo po volji da podanici druge, turske države budu starješine redovnicima na njenom teritoriju. To je pitanje moguće iskrslo i zbog toga što su franjevci mislili na povratak na Visovac, a to se 1675. i ostvarilo. Nije bez razloga dužd Alojzije Contareno 2. kolovoza 1678. uređivao osoblje šibenskog samostana, jednako kao što je poslije Morejskog rata opći providur Justin da Riva zabranio 13. VI 1706. da stranac bude starješina u Šibeniku, nego je naredio samostanu na Visovcu da pošalju za to zgodnu osobu. Veoma zanimljiv bio je slučaj 1693. kad se u šibenskom samostanu birao provincijal. Mletačka je vojska opkolila samostan i prisilila franjevce da izaberu o. Pavla Kačića. Nakon toga nisu se kapituli više držali na teritoriju Mletačke republike, a njena politika unutar Provincije dovela je konačno do diobe i osnivanja nove provincije sv. Kaja (1735.), kasnije Presvetog Otkupitelja (1743.). Mislimo da to treba imati u vidu kad je govor o presizanju Dalmatinske provincije nad novim osnovanim samostanima.

Protiv takvog prisezanja bosanski su se franjevci 9. veljače 1672. preporučili nekom svom dobročinitelju, a 3. svibnja 1672. isposlovali su ponovnu pohvalu od sudaca Velikog vijeća za sav njihov rad i uzorni život. Jednako je i provincijal Bosne Srebrne fra Grgur iz Imotskog s definitorima 14. veljače iste godine zamolio dužda da im se ostavi hospicij u Šibeniku. Ta se stvar otegla jer 1679. izjavljuju kapetan Stjepan Pavlović iz Makarske i Mijo Zavorović iz Šibenika da samostan sv. Lovre pripada provinciji Bosne Srebrne. Novi Morejski rat (1684-1699) ponovo je angažirao franjevce, a novo zauzimanje Dalmacije do Knina dovest će i Visovac pod vlast Venecije tako da se pitanje Šibenika moglo rješavati onako kako su to željeli visovački franjevci.

Samostan je zadesila nesreća kada je noću 14. na 15. veljače 1663. grom udario u barutanu kaštela sv. Mihovila. Tada je nastradao krov samostana i kapele, ali su redovnici ubrzo popravili nanesenu štetu.

U međuvremenu franjevci su dobili od kolonela Petra Divinića Miketić-Dragojevića 6. svibnja 1674. porušene tri zidine s nešto vrta. On je to darovao kao čin „un alto di pura e vera carita“ da bi samostan mogao imati maleni vrt a jedini je uvjet bio da se franjevci za nj mole Bogu. Od tih zidina franjevci su uredili štalu i kasnije krušnu peć. Nedostatak slobodnog prostora oko samostana, tijesne prostorije, ali osobito malena crkva bez dovoljno velikog kora rodila je misao da se stvori ljepši i prostrani samostan kod crkvice sv. Nikole na obali. Lektor i gvardijan o. Pavao Grabovac s drugim franjevcima zamolio je 11. travnja 1681. Bratovštinu pomoraca da im ustupi crkvu sv. Nikole i okolni prostor. Dva dana kasnije bratimi su prihvatili, uz slične uvjete kao i 1650. molbu franjevaca i dozvolili im da tu sagrade samostan. Međutim, franjevci su ponovno odustali od te zamisli jer su dobili mogućnost gradnje nove crkve.

Daljnje je veće proširenje samostana bilo na kuću obitelji Protti. Jeronim Protti ostavio je 4. listopada 1694. oporukom franjevcima polovicu očinske kuće koja se nalazila uz samostan. Druga je polovica pripadala njegovu bratu. To je lijepa kamena zgrada gdje se danas nalazi knjižnica s ulazom nad kojim je jednostavni monogram IHS, a vratnice su ukrašene uskim malenim stupićima. Franjevci su 16. veljače 1696. zatražili od Jeronimovih nasljednika da im dadu taj dio kuće, ali je oni nisu tako lako željeli ustupiti. Stoga je 30. travnja 1700. U samostanu pred cijelom redovničkom obitelji skupljenoj na glas zvona, pred notarom dana punomoć o. Pavlu Nikoliću da dobije dozvolu od Senata za proširenje samostana na polovinu kuće Protti. O. Pavao, zaslužan u ratu za Veneciju, uspio je dobiti dozvolu koju mu je 20. kolovoza 1701. dao dužd Alojzije Mocenigo uz uvjet da „la casa medissima resti sempre alla conditione secolare sottoposta alle publiche grauezze.“ Međutim, nasljednici Protti ustali su protiv tog legata i 12. travnja 1703. opći je providur Marin Zane naredio da se parnica između samostana i Antuna Protti prekine dok franjevci kroz 12 dana ne prikažu svoje isprave. Zbog tog parničenja franjevci su sigurno ponovno uputili molbu duždu koja je nedatirana sačuvana u arhivu. U njoj se naglašava kako u veoma tijesnom samostanu stanuje 16 svećenika, 6, a često i više, novica i 4 brata laika. Svi su oni u prošlom ratu služili u vojsci, a sad u miru služe u raznim crkvenim službama. Tim argumentima franjevci su dobili pravo na polovinu kuće Protti, a 1706. kupili i drugu polovicu što se proteže na jug glavne zgrade. Ta je polovina bila dosta skupa. Da bi isplatili kuću, franjevci su pozajmili novac od Zadranina Franje Benje, i to 6000 lira, založivši na „livello francabile“ prihode sa Žirja. Taj su novac franjevci povratili 1714. i tako se oslobodili duga i ujedno dobili natrag prihode sa Žirja. Ujedno su franjevci pozajmili od Kuzme Faventina 1060 lira za uređenje samostana i 29. travnja 1708. povratili mu novac.

Samostan je s tim novim zgradama dobio dovoljno prostora. Franjevci su, pod vodstvom fra P. Nikolića, kojeg Stj. Zlatović pretjerano hvali kao vrsnog graditelja, povezali unutrašnjost zgrada, na prvom spratu kuće Protti uredili blagovalište, kuhinju i radionice. U te se prostorije ulazilo posebnim vratima iz predvorja samostana. Moguće su tada podigli kaptolsku zgradu na još jedan sprat i povezali je s kućom Protti. Sam samostan su lukom preko puta spojili sa proširenom novom crkvom, dok je s južne strane samostan spojen s kućicom, kako se vidi na katastarskom planu. Na strmom prostoru dobivena je dovoljno velika zgrada s tri bunara. Iznad crkve bio je poveći vrt a uz štalu maleni vrtić. S tim proširenjem samostan je mogao postati filozofsko učilište.

fra Josip Ante Soldo (1922. - 2005.)