Iz svoje malene ekonomije samostan je zgrade samo podržavao, a malo popravljao, iako je provincijal o. Šimun Milinović, po naredbi državnih vlasti, upozorio 1838. starješine samostana da pripaze na zgrade i crkve te da odmah popravljaju štete. Kako je šibenski samostan stvoren pripajanjem raznih kućica i starih dotrajalih zidina, nikad se nije ni mogao u potpunosti urediti. Većih investicija odjednom nije samostan mogao pribaviti i stoga su popravci bili samo privremeni i nedovoljni.

Novo uređenje škola, protivno tradicionalnom, nametnulo je franjevcima potrebu stvaranja jedinstvenih škola u Provinciji. Kako je šibenski samostan, kao glavno učilište, o čemu ćemo opširnije govoriti, imao dosta slabe nehigijenske prostorije, nezgode za uzgoj zbog tijesnih šibenskih ulica oko samostana, počelo je prevladavati mišljenje u Provinciji da bi bilo potrebno graditi novu zgradu u drugom mjestu za odgoj klerika. To se naslućuje već u pismu provincijala o. Ivana Šimunovića 16. veljače 1864. Protiv takve zamisli bio je  jak otpor franjevaca tzv. „Donje kustodije“ (od Cetine do Zrmanje). Oni nisu željeli izgubiti generalno učilište i dozvoliti da ono prijeđe u „Gornju kustodiju“. Stoga su sve radili da se šibenski samostan uredi i da u njemu ostane učilište jer drugi njihovi samostani nisu za to bili zgodni a u samom Sinju, za to najprikladnijem, bila je već Gimnazija.

Franjevci su zato isposlovali od cara pripomoć prigodom njegova obilaska Dalmacije 1875. i dobili su 100 for. Međutim, car je 1878. darovao  500 for. za uređenje samostana „određenog za stanovanje klerika učenika redovničke obitelji.“ Od tog novca nije se mnogo uradilo jer u svojoj nastupnoj  okružnici provincijal fra Josip Paić 15. kolovoza 1882. govori kako „bogoslovni nauci nisu shodni u samostanu u Šibeniku“ i kada bi se mogao splitski samostan podići za još jedan sprat, dva bi tečaja iz Šibenika bila premještena u Split. Na takve planove ustali su članovi Donje kustodije i odlučili napustiti stari samostan sv. Lovre a sagraditi novi u Varošu, gdje im je Crkovinarstvo, nagovoreno od župnika o. Koste Krelje, ustupalo zemljište uz župsku crkvu. Takvu osnovu pozdravio je i član Gornje kustodije o. Gabro Puratić svim svojim franjevačkim srcem. On je u pismu od 10. veljače upućivao gvardijana kako bi trebalo cijelu stvar urediti i to najprije u okviru samostanske obitelji, a zatim u provincijalnoj upravi te konačno sklopiti ugovor s Crkovinarstvom. Crkva bi bila „manastirska i župnička“ kao u Sinju, Kninu, a naziv samostana prema crkvi jer „teško bi i puk od prvašnjega naslova odstupio.“ Župsku službu vršio bi onaj svećenik kojeg samostan imenuje, a biskup potvrdi. „Kad uglavite uvite, tad naći ćete tute vištaka da pismu dade pravnički oblik čemu ja nisam višt“, završava svoje pismo časni fra Gabro.

Ta je cijela stvar bila upućena preko šibenskog biskupa državnoj vlasti. Biskup, međutim, čini se, nije bio za nju, iako se nije u potpunosti izjasnio „jer nije želio da se iz grada manastir iznosi, a jer ne bi htio da „sadašnja crkva bude zapuštena, ili valjda vrimenom u drugu svrhu kakvu upotribljena“, kako je pisao 12. ožujka 1883. o.  Ivan Marković. On je bio otputovao u Zadar J. Biankiniju da bi preko njega dobio vezu sa savjetnikom „Avoškanom.“ On ga je uputio na zastupnika Tomića, ali je o. Ivan sam otišao do savjetnika koji ga je lijepo primio. Taj mu je rekao da bi trebalo znati o kakvoj se gradnji radi i koliko će ona stajati jer Namjesništvo može odobriti gradnju samo do 8000 for., do 24000 for. ministarstvo, a dalje sam car. Savjetnik je uvjerio o. Ivana da će se dozvola sigurno dobiti. Jednako je i o. Stj. Zlatović upućivao gvardijana kako da uradi stvar s Crkovinarstvom i to uglavnom onako kako je iznio i fra G. Puratić. On nutka gvardijana i o. Kostu na posao: „Ako može biti neka se ne okleva, a ako ne može, neka se bistro pismom dokaže za vaše opravdanje, za da se može dokazati da nije stvar zapela s vaše nepomlje, nemara ili kakve dosade; za da možete ponosom kazati: stvar je mogla biti, a ako nije; to nije bilo do nas.“

Te su osnove bile velike i dobro su se uputile jer se za njih bio zainteresirao i odobravao zamisao, ne samo provincijalna uprava, nego i general Reda. Tako je pisao 13. veljače 1883. provincijal Josip Paić jer „to bi bilo najplemenitije i dičnije za našu državu, jer tim stekli bi to veći upliv i bilo bi nam jamstvo bolje budućnosti.“ Stoga je on odredio da šibenska samostanska obitelj iznese kojim bi sredstvima izvela gradnju, privolu Crkovinrstva za ustupanja zemljišta i ugovore za gradnju: „Gdje iziskiva korist Reda i Države, treba hrabreno postupati i ne osvrćati se na kojekakva rovarenja neprijatelja našega Reda“, zaključuje malo bojovno provincijal.

Samostan je, međutim, dao napraviti nacrte gradnje, „pristojni stan za Manastir sv. Lovre, stan za nauke sve Bogoslovja i stan i Ured za Župnika“ i priložio ih molbi 10. siječnja 1884. Šibenska je Općina 29. ožujka te godine odobrila gradnju. Stoga je samostanski starješina zamolio sinjski samostan, koji se „dovoljno digao u ekonomičnom stanju“, da mu novčano pomogne kako je i šibenski njega pomagao.

Čini se da je ta pomoć bila slaba, ako ne i nikakva. Novac što ga je imao samostan prodajom svojih privilegija na otoku Žirju bio je nedovoljan, a provincijalna uprava nije mu mogla zbog loših financija pomoći. Stoga je novac dan za gradnju od članova Donje kustodije bio povučen. Sačuvano je pismo fra Luje Maruna od 21. siječnja 1886. kojim je molio gvardijana da mu povrati poslani novac, potreban za popravak orgulja u Kninu, jer „koliko se trudio zagledajući u budućnost ne mogu nazriti da će na brzo to pitanje biti oživotvoreno.

Propašću te osnove, bogoslovno je učilište trebalo dignuti iz Šibenika i već je jedan tečaj bio premješten u Zaostrog. Ipak taj premještaj nije bio sretan jer je provincijalna uprava 4. prosinca 1890. zaključila da se učilište ponovo povrati u Šibenik, ali uz uvjet da se izgradi 16 soba za đake u samom samostanu. Tu su odluku pozdravili svi ljubitelji šibenskog samostana pa i tada već bolestan i nemoćan Stj. Zlatović. Samostan je, uz provincijalno odobrenje, uputio 13. veljače 1891. molbu svim samostanima Donje kustodije da bi ponovo Bogoslovija došla u Šibenik „gdi priko 160 godina bijaše na diku i ponos naše Redodržave i ovoga grada.“ Samostanska je uprava zaključila da se „drugi nižji pod na zapadu ležeći, podigne i izravna prema trećem, jur obstojećem, gdi će se imati 16 (šesnaest) soba za spavanje, dvi za školu, jedna i dvojstruka za lekturu – duhovnog upravitelja, sa dosta prostranom na sridi dvoranom i to sve pod jednim ključem, bez ikakva doticaja bud unutarnjega, bud izvanjskoga izvan samim Bogom i svojim učiteljem.“ Kako su za to bili potrebni veliki troškovi, samostan se obratio „naše Kustodije samostanima, koli pojedinim članovima iste“ da bi pomogli tu gradnju „na diku i korist ne samo ovoga samostana, doli i naše Kustodije i učeće mladeži, o kojoj sva naša budućnost visi; koja uzgojena u pravom duhu redovničkom, bez dvojbe bit će na ponos, diku i korist Reda, samostana i grada, na dobrobit našeg Hrvatskoga, od Boga nam povirena puka.“ Na tu molbu odazvali su se svi samostani Donje kustodije i mnogi pojedinci.

Šibenska je Općina odobrila 18. veljače 1891. nacrt jer „nema ništa protivna ni s političkog (!) ni s uresnog gledišta.“ Nacrt je izradio inženjer Vjekoslav Meichsner, a cijela je gradnja stajala 5000 for. što su franjevci isplatili kroz 1891 dok je drugih troškova bilo još 900 for.

Izradbom tog dijela samostana bio je izvršen uvjet postavljen od provincijalne uprave i 13. travnja 1891. ona je zapisnički potvrdila da se slaže s gradnjom i dozvolila gvardijanu da „sklopi pogodbu i nadgleda izvršenje po odobrenoj osnovi i dotičnom narisu.“

Kako je gradnja dobro napredovala mogao je provincijal fra Marko Ivandić u svojoj okružnici 15. svibnja 1891. javiti da „I odsik bogoslovnog učilišta, koji je provizorno bio prinesen u Zaostrog, ima se, po svršetku učionske tekuće godine, povratiti i stanovito smistiti u Šibenik.“

Tako je zapadni dio samostana podignut za jedan sprat i time su se zgrade lica samostana izjednačile. Gvardijan je mogao 10. rujna 1892. veseo zahvaliti svima koji su pomogli gradnju jer „ovaj Manastir more odsle sa pouzdanjem gledati u svoju budućnost i opet je zauzeo ono dično misto što ga je od svog postanka zapremao u Provinciji.“ Ujedno je gvardijan molio pripomoć da bi kupili jednu kuću blizu Klerikata (br. 320) „je da se ukloni pogibelj za redovnički uzgoj mladeži.“

fra Josip Ante Soldo (1922. - 2005.)